Участник:EvgSokolov/Сравнение

Материал из MachineLearning.

< Участник:EvgSokolov(Различия между версиями)
Перейти к: навигация, поиск
(Новая: {| class="wikitable" |- ! Метод ! Фоновая поправка ! Шкала ! Число чипов |- ! vsn | глобальная | glog | много |- ! RMA | глобаль...)
Текущая версия (09:59, 20 октября 2011) (править) (отменить)
 
(2 промежуточные версии не показаны)
Строка 4: Строка 4:
! Фоновая поправка
! Фоновая поправка
! Шкала
! Шкала
-
! Число чипов
+
! Суммаризация
|-
|-
! vsn
! vsn
| глобальная
| глобальная
| glog
| glog
-
| много
+
| множественная
|-
|-
! RMA
! RMA
| глобальная
| глобальная
| log
| log
-
| много
+
| множественная
|-
|-
! gcRMA
! gcRMA
| локальная
| локальная
| log
| log
-
| много
+
| множественная
|-
|-
! PLIER
! PLIER
| локальная
| локальная
| glog
| glog
-
| много
+
| множественная
|-
|-
! dChip
! dChip
| локальная
| локальная
-
| линейная
+
| lin
-
| много
+
| множественная
|-
|-
! MAS5
! MAS5
| локальная
| локальная
| log
| log
-
| один
+
| одиночная
|-
|-
! hook
! hook
| локальная
| локальная
| glog
| glog
-
| один
+
| одиночная
|}
|}
 +
 +
Виды фоновой поправки:
 +
* Глобальная — считается, что все пробы на одном чипе имеют одинаковый фон.
 +
* Локальная — фон каждой пробы оценивается по отдельности. Как правило, это делается с помощью интенсивностей MM-проб.
 +
 +
Виды шкал:
 +
* lin — линейная
 +
* log — логарифмическая
 +
* glog — обобщенно-логарифмическая, <tex> glog(x) = log\left[ \frac{x + \sqrt{x^2 + c^2}}{2} \right]</tex>, где <tex>c</tex> — параметр.
 +
 +
Виды методов суммаризации:
 +
* Одиночная — используются данные только одного чипа. Примером может служить [[взвешенное среднее Тьюки]] по набору проб, соответствующих одному гену.
 +
* Множественная — одновременно используются данные нескольких чипов. Пример такого метода — median polish.

Текущая версия

Метод Фоновая поправка Шкала Суммаризация
vsn глобальная glog множественная
RMA глобальная log множественная
gcRMA локальная log множественная
PLIER локальная glog множественная
dChip локальная lin множественная
MAS5 локальная log одиночная
hook локальная glog одиночная

Виды фоновой поправки:

  • Глобальная — считается, что все пробы на одном чипе имеют одинаковый фон.
  • Локальная — фон каждой пробы оценивается по отдельности. Как правило, это делается с помощью интенсивностей MM-проб.

Виды шкал:

  • lin — линейная
  • log — логарифмическая
  • glog — обобщенно-логарифмическая,  glog(x) = log\left[ \frac{x + \sqrt{x^2 + c^2}}{2} \right], где c — параметр.

Виды методов суммаризации:

  • Одиночная — используются данные только одного чипа. Примером может служить взвешенное среднее Тьюки по набору проб, соответствующих одному гену.
  • Множественная — одновременно используются данные нескольких чипов. Пример такого метода — median polish.