Участник:Anastasiya/Черновики

Материал из MachineLearning.

Содержание 1 Список проектов 1.1 Задача 1 1.2 Задача 2 1.3 Задача 2.5 1.4 Задача 3 1.5 Задача 4

Список проектов

Шаблон описания проекта — научной статьи

• Название: Название, под которым статья подается в журнал.
• Задача: Описание или постановка задачи. Желательна постановка в виде задачи оптимизации (в формате argmin). Также возможна ссылка на классическую постановку задачи.
• Данные: Краткое описание данных, используемых в вычислительном эксперименте, и ссылка на выборку.
• Литература: Список научных работ, дополненный 1) формулировкой решаемой задачи, 2) ссылками на новые результаты, 3) основной информацией об исследуемой проблеме.
• Базовой алгоритм: Ссылка на алгоритм, с которым проводится сравнение или на ближайшую по теме работу.
• Решение: Предлагаемое решение задачи и способы проведения исследования. Способы представления и визуализации данных и проведения анализа ошибок, анализа качества алгоритма.
• Новизна: Обоснование новизны и значимости идей (для редколлегии и рецензентов журнала).
• Авторы: эксперт, консультант.

Задача 1

• Название: Классификация видов деятельности человека по измерениям фитнес-браслетов.
• Задача: По измерениям акселерометра и гироскопа требуется определить вид деятельности рабочего. Предполагается, что временные ряды измерений содержат элементарные движения, которые образуют кластеры в пространстве описаний временных рядов. Характерная продолжительность движения – секунды. Временные ряды размечены метками вида деятельности: работа, отдых. Характерная продолжительность деятельности – минуты. Требуется по описанию временного ряда и кластера восстановить вид деятельности.
• Данные: Временные ряды акселерометра WISDM (Временной ряд (библиотека примеров), раздел Accelerometry).
• Литература:
  • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016. [URL]
  • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483. [URL]
  • Исаченко Р.В., Стрижов В.В. Метрическое обучение в задачах многоклассовой классификации временных рядов // Информатика и ее применения, 2016, 10(2) : 48-57. [URL]
  • Задаянчук А.И., Попова М.С., Стрижов В.В. Выбор оптимальной модели классификации физической активности по измерениям акселерометра // Информационные технологии, 2016. [URL]
  • Motrenko A.P., Strijov V.V. Extracting fundamental periods to segment human motion time series // Journal of Biomedical and Health Informatics, 2016, Vol. 20, No. 6, 1466 - 1476. [URL]
  • Ignatov A., Strijov V. Human activity recognition using quasiperiodic time series collected from a single triaxial accelerometer // Multimedia Tools and Applications, 2015, 17.05.2015 : 1-14. [URL]
• Базовой алгоритм: Базовый алгоритм описан в работах [Карасиков, Стрижов: 2016] и [Кузнецов, Ивкин: 2014].
• Решение: Найти оптимальный способ сегментации и оптимальное описание временного ряда. Построить метрическое пространство описаний элементарных движений.
• Новизна:: Соединение двух характеристических времен описания жизни человека, комбинированная постановка задачи.
• Авторы: В.В. Стрижов, М.П. Кузнецов, П.В. Левдик.

Задача 2

• Название: Построение аппроксимирующего описания скалограммы в задаче классификации движений по электрокортикограмме.
• Задача: В рамках решения задачи декодирования сигналов ECoG решается задача классификации движений по временным рядам показаний электродов. Инструментами для извлечения признаков из временных рядов ECoG являются коэффициенты вейвлет-преобразования исследуемого сигнала~\cite{Makarchuk2016}, на основе которых для каждого электрода строится скалограмма~--- двумерный массив признаков в пространстве частота-время. Объединение скалограмм для каждого электрода даёт признаки временного ряда в пространственно-частотно-временной области. Построенное таким образом признаковое описание заведомо содержит мультикоррелирующие признаки и является избыточным. Требуется предложить метод снижения размерности признакового пространства.
• Данные: Измерения положений пальцев при совершении простых жестов. Описание экспериментов данные.
• Литература:
  • Карасиков М.Е., Стрижов В.В. Классификация временных рядов в пространстве параметров порождающих моделей // Информатика и ее применения, 2016. [URL]
  • Кузнецов М.П., Ивкин Н.П. Алгоритм классификации временных рядов акселерометра по комбинированному признаковому описанию // Машинное обучение и анализ данных. 2015. T. 1, № 11. C. 1471 - 1483.
• Базовой алгоритм: PLS

Chen C, Shin D, Watanabe H, Nakanishi Y, Kambara H, et al. (2013) Prediction of Hand Trajectory from Electrocorticography Signals in Primary Motor Cortex. PLoS ONE 8(12): e83534.

• Решение: Для снижения размерности предлагается использовать метод локальной аппроксимации, предложенный в [Кузнецов 2015] использованный для классификации акселерометрических временных рядов [Карасиков 2016].
• Новизна: Обоснование новизны и значимости идей (для редколлегии и рецензентов журнала).
• Авторы: эксперт, консультант.

Задача 2.5

• Название: Выбор признаков в задаче распознавания активности областей головного мозга.
• Задача: Решается задача восстановления координат конечности испытуемого на основе измерений активности головного мозга. Каждому обхъекты выборки, описываемому трехиндексной матрцей пространственных, временных и частотных признаков, требуется сопоставить 3D координаты конечности испытуемого.
  • Постановка задачи и описание процесса построения выборки
• Данные: Описание эксперимента и ссылка на данные
• Литература:
  • Andrey Eliseyev and Tetiana Aksenova. Penalized multi-way partial least squares for smooth trajectory decoding from lectrocorticographic (ecog). PLoS ONE, 11(5):e0154878, 2016.
  • Andrey Eliseyev, Cecile Moro, Thomas Costecalde, Napoleon Torres, Sadok Gharbi, Corinne Mestais, Alim Louis Benabid, and Tatiana Aksenova. Iterative n-way partial least squares for a binary self-paced brain-computer interface in freely moving animals. J. Neural EngJournal of Neural Engineering, 8, 2011.
  • Aleksandr Katrutsa and Vadim Strijov. Comprehensive study of feature selection methods

to solve multicollinearity problem according to evaluation criteria. Expert Systems with Applications, 2017.

• Базовой алгоритм: NPLS или другие модификации [Eliseyev 2016, Eliseev 2011]
• Решение: Предлагается сравнить базовые методы с методом [Katrutsa 2017]
• Новизна: Алгоритм выбора признаков [Katrutsa 2017] был предложен для двухиндексных данных и при использовании тензорных (многоиндексных) признаковых описаний требует модификации.
• Авторы: эксперт, консультант.

Задача 3

• Название: Multiple Manifold Learning (Joint diagonalization for 3D shapes - AJD on Hessian matrices).
• Задача: Построение оптимального алгоритма для задачи Multiple Manifold Learining. Пространство движений эластичного тела задается собственными векторами гессиана. Требуется найти общее low-rank приближение пространства движений двух эластичных тел.
• Данные: Белковые структуры в двойных конформациях из PDB, около 100 наборов из статьи https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4677049/
• Литература:
  • Tirion, M. M. (1996). Large amplitude elastic motions in proteins from a single-parameter, atomic analysis. Physical Review Letters, 77(9), 1905.
  • Moal, I. H., & Bates, P. A. (2010). {SwarmDock} and the Use of Normal Modes in Protein-Protein Docking. IJMS, 11(10), 3623–3648. https://doi.org/10.3390/ijms11103623
• Базовой алгоритм: AJD algorithm: http://perso.telecom-paristech.fr/~cardoso/jointdiag.html, AJD algorithms implemented as part of Shogun ML toolbox http://shogun-toolbox.org, http://shogun-toolbox.org/api/latest/classshogun_1_1CApproxJointDiagonalizer.html.
• Решение: Вычисление гессианов (C++ код у Сергея), изучение и запуск стандартных алгоритмов совместной диагонализации для первых n нетривиальных собственных векторов, анализ функций потерь, адаптирование стандартного алгоритма для решения исходной задачи.
• Новизна: При помощи простых моделей теории эластичности с одним или несколькими свободными параметрами можно описать тепловые флуктуации в белках. Однако такие модели не описывают переходы между несколькими стабильными конформациями в белках. Целью данной работы является доработка эластичной модели так, чтобы она также описывала пространство конформационных изменений.
• Авторы: Грудинин Сергей, консультант: Карасиков Михаил.

Задача 4

• Название: Convex relaxations for multiple structure alignment (synchronization problem for SO(3)).
• Задача: Найти преобразования для одновременного выравнивания третичных структур белков. Оптимизационная задача с исходной полиномиальной функцией потерь невыпукла. Если структуры одинаковые (RMSD после выравнивания равно нулю), то выравнивать можно попарно. Однако, если это не так, то базовый алгоритм, вообще говоря, не находит оптимум исходной задачи.
• Данные: Структуры белков в PDB формате в различных состояниях и системах координат.
• Литература:
  • Multiple structural alignment:
    1. Kearsley.S.K. (1990)7. Comput. Chem., 11, 1187-1192.
    2. Shapiro., BothaJ.D., PastorA and Lesk.A.M. (1992) Acta Crystallogr., A48, 11-14.
    3. Diamond,R. (1992) Protein Sci., 1, 1279-1287.
    4. May AC, Johnson MS, Improved genetic algorithm-based protein structure comparisons: pairwise and multiple superpositions. Protein Eng. 1995 Sep;8(9):873-82.
  • Synchronisation problem:
    1. O. Özyeşil, N. Sharon, A. Singer, ``Synchronization over Cartan motion groups via contraction”, Available at arXiv.
    2. L. Wang, A. Singer, ``Exact and Stable Recovery of Rotations for Robust Synchronization”, Information and Inference: A Journal of the IMA, 2(2), pp. 145--193 (2013).
    3. Semidefinite relaxations for optimization problems over rotation matrices J Saunderson, PA Parrilo… - Decision and Control ( …, 2014 - ieeexplore.ieee.org
    4. Spectral synchronization of multiple views in SE (3) F Arrigoni, B Rossi, A Fusiello - SIAM Journal on Imaging Sciences, 2016 - SIAM
    5. Robust Rotation Synchronization via Low-rank and Sparse Matrix Decomposition, F Arrigoni, A Fusiello, B Rossi, P Fragneto - arXiv preprint arXiv: …, 2015 - arxiv.org
  • Spectral relaxation for SO(2)
    1. A. Singer, Angular synchronization by eigenvectors and semidefinite programming, Applied and Computational Harmonic Analysis 30 (1) (2011) 20 – 36.
  • Spectral relaxation for SO(3)
    1. M.Arie-Nachimson,S.Z.Kovalsky,I.Kemelmacher-Shlizerman,A.Singer,R.Basri,Global motion estimation from point matches, in: International Conference on 3D Imaging, Modeling, Processing, Visualization and Transmission, 2012, pp. 81–88.
    2. A. Singer, Y. Shkolnisky, Three-dimensional structure determination from common lines in cryo-em by eigenvectors and semidefinite programming, SIAM Journal on Imaging Sciences 4 (2) (2011) 543– 572.
• Базовой алгоритм: Алгоритм локального (попарного) выравнивания. Kearsley.S.K. (1989) Acta Crystallogr., A45, 208-210 ; Rapid determination of RMSDs corresponding to macromolecular rigid body motions

Petr Popov, Sergei Grudinin, Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2014, 35 (12), pp.950-956. <10.1002/jcc.23569> DOI : 10.1002/jcc.23569

• Решение: Два варианта постановки оптимизационных задач (через матрицы поворота и через кватернионы). Релаксация полученных задач выпуклыми, сравнение решений задачи базовым алгоритмом и релаксациями (spectral relaxation, SDP).
• Новизна: Метод, выравнивающий структуры, минимизируя функцию потерь, учитывающую все попарные потери.
• Авторы: Грудинин Сергей, консультант: Карасиков Михаил.