Прогнозирование класса третичной структуры белка по первичной (пример)
Материал из MachineLearning.
(Различия между версиями)
(→Аннотация) |
|||
Строка 1: | Строка 1: | ||
== Аннотация == | == Аннотация == | ||
- | Рассматривается задача классификации третичной структуры белка по | + | Рассматривается задача классификации третичной структуры белка по первичной. |
- | Для решения задачи применяется алгоритм "Метод ближайшего соседа". | + | Для решения задачи применяется алгоритм "Метод ближайшего соседа". |
Подбираются и сравниваются параметры алгоритма. | Подбираются и сравниваются параметры алгоритма. | ||
Построен график точности алгоритма с доверительными интервалами в зависимости от параметров предложенного алгоритма. | Построен график точности алгоритма с доверительными интервалами в зависимости от параметров предложенного алгоритма. | ||
- | |||
- | |||
- | |||
- | |||
== Постановка задачи == | == Постановка задачи == |
Версия 13:24, 16 июня 2011
Аннотация
Рассматривается задача классификации третичной структуры белка по первичной. Для решения задачи применяется алгоритм "Метод ближайшего соседа". Подбираются и сравниваются параметры алгоритма. Построен график точности алгоритма с доверительными интервалами в зависимости от параметров предложенного алгоритма.
Постановка задачи
Данные
Предлагается использовать базу данных "ASTRAL SCOP Genetic Domain Sequences 1.75"[1], архив PDB SEQRES records: astral-scopdom-seqres-gd-all-1.75.fa[2]
Структура данных
>d1dlya_ a.1.1.1 (A:) Protozoan/bacterial hemoglobin {Green alga (Chlamydomonas eugametos) [TaxId: 3054]} slfaklggreaveaavdkfynkivadptvstyfsntdmkvqrskqfaflayalggasewk gkdmrtahkdlvphlsdvhfqavarhlsdtltelgvppeditdamavvastrtevlnmpq
- d1dlya_ -- идентификатор эксперимента (код файла в PDB),
- a.1.1.1 -- классификатор белка, иерархическая структура разделена точками,
- slfaklggreavea... -- последовательность аминокислот (без пробелов и переносов до символа >).