< Участник:EvgSokolov(Различия между версиями)
|
|
| (9 промежуточных версий не показаны.) |
| Строка 1: |
Строка 1: |
| - | == Вычисление концентрации с помощью контрольных проб ==
| |
| | | | |
| - | Известно, что пробы на днк-микрочипах бывают двух типов: целевые, предназначенные для определения концентрации РНК определенных генов в растворе, и «spike-in»-пробы, комплементарные к последовательностям, отсутствующим в ДНК исследуемого организма. Как правило, «spike-in»-РНК добавляется в раствор в известных концентрациях, и эту информацию можно использовать для настройки модели интенсивности.
| |
| - |
| |
| - | Для использования данного метода необходимо несколько чипов с одинаковыми концентрациями целевой РНК, но
| |
| - |
| |
| - | Рассматривается модель Ленгмюра, описывающая зависимость интенсивности свечения пробы от концентрации РНК:
| |
| - | ::<tex> I_{spi} = \left( \frac{a_{sp} c_{si}}{c_{si} + b_{sp}} + d_{sp} \right) \varepsilon_{spi} </tex>,
| |
| - |
| |
| - | где <tex>i</tex> — номер микрочипа, <tex>s</tex> — номер набора проб, <tex>p</tex> — номер пробы в наборе, <tex>I_{spi}</tex> — интенсивность свечения пробы, <tex>c_{si}</tex> — абсолютная концентрация РНК, соответствующей <tex>s</tex>-му гену <tex>i</tex>-го микрочипа, <tex>\varepsilon_{spi}</tex> — логарифмически нормальная случайная величина с нулевым средним; <tex>a_{sp}, b_{sp}, d_{sp}</tex> — параметры модели.
| |
| - |
| |
| - | Предполагается, что параметры описываются следующей линейной моделью:
| |
| - | ::<tex> \begin{bmatrix} \log a_{sp} \\ \log b_{sb} \\ \log d_{sp} \end{bmatrix} = \begin{bmatrix} \gamma_A^a & \gamma_C^a & \gamma_G^a \\ \gamma_A^b & \gamma_C^b & \gamma_G^b \\ \gamma_A^d & \gamma_C^d & \gamma_G^d \end{bmatrix} * \begin{bmatrix} n_{A, sp} \\ n_{C, sp} \\ n_{G, sp} \end{bmatrix} + \begin{bmatrix} \beta_1 \\ \beta_2 \\ \beta_3 \end{bmatrix} + \begin{bmatrix} \varepsilon_1 \\ \varepsilon_2 \\ \varepsilon_3 \end{bmatrix} </tex>,
| |
| - |
| |
| - | где <tex>n_{A, sp}, n_{C, sp}, n_{G, sp}</tex> — число нуклеотидов типа A, C и G соответственно на пробе <tex>p</tex> набора <tex>s</tex>.
| |
